既報の通り、昨年度は、怪しいながらもインストールに成功した RMySQL であったが、Fedora 24, R 3.3.1, MariaDB 10.1.18 (mysql 15.1) で、再びインストール不可のトラブルが発生した。今度はユーザアカウント限定でも入らない。
** testing if installed package can be loaded Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object '/usr/lib64/R/library/RMySQL/libs/RMySQL.so': libmariadb.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory Error: loading failed
ビルドまでは通っているように見えるが……
追記： libmariadb.so が見つかっていない。原因は、mariadb-connector-c がライブラリを /usr/lib64/mariadb/ に入れるだけで、/usr/lib64 直下にリンクを置かないためではないかと思われる。こうなると、昨年なぜ動いたのか、そっちのほうが謎だ。
# R CMD ldd /usr/lib64/R/library/RMySQL/libs/RMySQL.so linux-vdso.so.1 (0x00007ffd20fca000) libmariadb.so.2 => not found libssl.so.10 => /lib64/libssl.so.10 (0x00007f80f30e4000)
ともあれ、無理やりシンボリックリンクを置いて解決させた。
[root@aries lib64]# ln -s mariadb/libmariadb.so libmariadb.so.2